机枪的窗式枪座，全机共装备 MG131 重机枪和 MG15 轻机枪各 4 挺。两机机身构造加固，燃油量增加。13 号机与 D 型一样装
6 台格罗姆-罗纳 14N 发动机；而 14 号机原准备改用 4 台起飞功率达 1,340 马力的尤莫 211F
液冷发动机，后还是因尤莫发动机难以到手而作罢。13 号机成为 E-1 型的原型。1943
年春，“巨人”的生产由齐柏林公司继续在主翼上面、外侧发动机后方增设两个装 20 毫米 MG151 机炮的 EDL151
泡型炮塔以代替背部枪塔的 Me 323 被称为 E-2 型。它们中的一架又改装为编队护航用的 E-2/WT 型，它的主翼上有 4 个
EDL151 炮塔，加上机头的旋转炮塔和机身侧的炮座，共装备 11 门 MG151 机炮和 4 挺 MG131 重机枪，乘员 17
名，全部炮座都用装甲防护，不再搭运货物。经过试飞，苯拙的 E-2/WT 型被认为远不如护航战斗机实用，被中止了发展。
Me 323E-2 的主翼骨架
