型较其他 F/A-18
外观上最大不同之处是其发动机进气口，进气口加大的目的是为了更大推力发动机所需的进气量，进气口倾斜向与机翼前缘成一直线，如此可以减少雷达反射。另外依据匿踪原理机身上各种检查门都有锯齿状边缘；在进气道内、发动机之前也有阻挡涡轮扇叶反射雷达波的装置；而原
C/D 型机翼前缘延伸板上的小导流片，与进气口前的拆流板也都被除去，以减低雷达讯号的反射。为减低雷达反射的另一招是使用吸收雷达波材料，应用在容易造成雷达反射的前方投影面积上，包括进气口、机首雷达罩和座舱罩，如此的结果，使得
E/F 的雷达反射讯号足足比最新的夜间攻击 C/D 型减少 1/10 以上。即使
E/F 型在携带外部负载时，也较其他 F/A-18 机型具有 6 倍至 10 倍的存活力。
E/F 型的易损面积大约比 C/D 型少 13％ 至 25％，这主要是由于干舱式灭火系统的设计，在必要时可以释出惰性气体来防止燃油爆炸。而零组件的重新设计与重新布局也减少了易损性。机上错误管理程式可以在控制面万一受损情况下，自动重
新调整飞行控制系统。改良的威胁反制系统更增加“存活性”，E/F
型预计将安装整体自卫电子反制系统（IDECM），此一系统涵盖
ALR-67V3 雷达警告接收器、ALQ-214 无线电频率反制器和 ALE-55 光纤拖曳诱饵。目前
ALQ-214 和 ALE-55 都仍在发展中，因此 E/F 型将先安装雷神公司的
