钟赤兵公开站出来为一个已被逮捕的“ab团”分子辩护，该有多危险啊！战友们都为他捏了一把汗。然而，钟赤兵想得更多的却是，共产党人办事要实事求是，尤其是对一个同志的政治生命。向仲华是他的直接领导，他有义务向上级领导反映向仲华的真实情况。经过钟赤兵的极力抗争和担保，向仲华最终死里逃生，回到了战斗岗位。多年后，向仲华还常对人说：“我的这条命是钟赤兵救的！”
解放后，钟赤兵担任军委民航局局长。1952年，“三反”、“五反”运动期间，他因心脏病住院治疗，这时局里一些人因受扩大化思潮的影响，把一位为我国民航工业立下了汗马功劳的工程师打成“大***犯”，并在多次批斗后错误地判了死刑。宣判大会这一天，钟赤兵得到消息，赶忙赶到宣判会场，果断地制止，要求“刀下留人”。并立即抱病找有关领导据理力争，要求重证据不轻信口供，尊重历史，不看一时一事，认真按照党的实事求是路线办事。随后，他又拄着拐杖去找周恩来申诉，终于使这位工程师获得新生，重新走上了工作岗位。
1961年4月21日，钟赤兵奉调国防科委担任副主任，协助主任聂荣臻元帅工作。
林彪出任国防部长、主持军委工作后，要求国防科委也要创“四好”。钟赤兵认为不能硬搬带兵的方法管理科研工作，依旧坚持贯彻由聂荣臻元帅组织制定、经党中央研究、毛主席批准的“科研十四条”，强调国防科研机构的根本任务是出成果、出人才。
由于钟赤兵坚持实事求是，坚持贯彻党的科学技术政策和知识分子政策，坚持按照科学的方法管理科研，“改造知识分子”，充分发挥他们在科研工作中的作用，触犯了林彪。“文化大革命”中，他被扣上了“军内一小撮”、“‘臭老九’的黑保护伞”等帽子，遭到林彪、“四人帮”的打击和迫害乃至人身摧残。面对林彪、“四人帮”的淫威，钟赤兵却毫无惧色，坚持斗争。一次，“造反派”头头逼他交代所谓“黑材料”，他怒不可遏地说：“你们欺人太甚，老实说，想从我这里得到一根毫毛也办不到！”
钟赤兵的“顽固不化”惹怒了林彪、“四人帮”，他们指使亲信狠整钟赤兵，使他得了心肌梗塞，不得不送进医院抢救治疗。可“造反派”不让抢救，非要置他于死地而后快。1967年3月，“造反派”硬将他从医院拖出来游街批斗。他重病在身，又只有一条腿，站立非常困难。但他们偏不让他坐，还给他戴上了一顶一米多高的高帽子。“造反派”厉声厉色地反复问道：“你为什么要保护‘臭老九’？为什么要推行修正主义科技路线？”
