1967年8月，钟赤兵又被拉到师范学校隔离起来。他的第二任夫人于陆琳，这位15岁参加革命、毕业于苏联列宁格勒赫尔岑教育学院教育系的“三八式”老干部，回忆起当年的情形时说：“我当时是北师大教育系主任，和钟赤兵分别被隔离在两间教室里，夫妻近在咫尺，我为他的身体担忧，却不能照应。”被隔离的次日上午，在批斗钟赤兵夫妇时，一个“造反派”头头质问：“钟赤兵，你为什么支持于陆琳推行资产阶级教育路线？”
钟赤兵义正词严地反问：“资产阶级教育路线是什么，学校的教育方针又是什么，你知道吗？”
“造反派”头头愣了，过了一会儿才说：“这谁不知道，学校当然是抓教育，是培养人才，是……”“这一方针是谁提出来的？”“毛主席。”“既然是毛主席提出的，难道于陆琳执行毛主席的教育路线就是执行资产阶级教育路线吗？”“造反派”无言以对……
林彪、“四人帮”之流见从政治上整不倒钟赤兵，就决定从生活上对他进行迫害。他们撤掉了钟赤兵的警卫员和保健医生。这对于一个肢体残缺、又患有重病、生活不能自理的人来说，身边没有人照顾，其艰难是可想而知的。再加上没完没了的批斗，果然，三天后，钟赤兵就病情加重、生命垂危了。好在毛泽东的女儿李敏冒着危险，突破了江青等人的重重封锁将消息传到中南海，毛泽东知道了钟赤兵被批斗、隔离审查的情况，非常生气，当即指示：“钟赤兵是个好同志，从小是在红军里面打仗出来的，工作有能力，有魄力。”
林彪、“四人帮”挨了当头一棒，只好放了钟赤兵。钟赤兵再一次从生死线上站了起来，继续拼搏在工作和斗争的第一线。可不幸的是，1975年3月，他猝发大面积心肌梗塞，永远离开了他为之奋斗的国防科研事业，终年61岁。
