康维尔 B 型弹射座椅
康维尔新设计的弹射座椅并不很受 F-106 飞行员的欢迎，有一些不成功的弹射导致了飞行员的不幸。康维尔 B 型座椅的复杂性和不可靠性导致了它的失败，1965
年美国空军转而同韦伯飞机公司签订了关于设计零-零弹射座椅的合同。人们开始认识到高空超音速弹射的概率实际上很低，高速飞机更有可能在相对低的高度和速度下需要弹射。韦伯公司在短短
45 天内就提交了第一部座椅。新的韦伯座椅相当有效，很快就安装到了整个 F-106 机群上。
韦伯零-零弹射座椅
1965 年安装了新的塔康（TACAN）系统，它使用微型电子电路，尺寸和重量都只有原系统的三分之一。
M61A1 20 毫米航炮：F-106A 拥有失所有人惊讶的可操纵性，而且显示出了出色的缠斗潜力。有些观点认为应当在越南使用 F-106
作高空掩护。建议包括喷涂战术伪装色，安装视线良好的顶盖，配备内置航炮。尽 管F-106
事实上从未在越南服役，增加航炮的建议还是被认真接受了。航炮并不打算在空空格斗中用来对付敌方的战斗机，而主要打算为对付敌方轰炸机提供额外的近战火力，它也被认为能有效打击低空飞行的轰炸机。