图中明显可见机腹中心线上的内置航炮。除此之外，这架 F-106A
还在一侧翼下挂载了一枚“标准”反辐射导弹，但是没有资料显示 F-106A 曾经正式执行过“野鼬鼠”任务
为了支持航炮计划，在所谓的“神射手项目”中，康维尔提出了如下方案：为 F-106 加装内置航炮，一台光学火炮瞄准器，以及一块视线良好的座舱顶盖。内置的 20
毫米 M61A1 加特林炮连同 650 发炮弹被装进了武器舱的后半部，代替了“妖怪”核火箭。这样，4 枚
AIM-4F/G“超级猎鹰”仍旧能够携带。航炮系统作为一个整体安装在导弹舱的一个围栏内，突出导弹舱外的部分安装了整流罩。可以通过机身下方的突出物来识别安装有航炮的
F-106A，这是航炮的排弹口。作为项目的一部分，测试了一种被称为“清晰顶棚”的新型座舱盖，它取消了飞行员头顶的金属隔框，显著改善了座舱视野。
武器舱内的 M61A1 航炮
1969 年 2 月 10 日在 F-106A 58-0795 上首次进行了航炮安装试验，后来在 59-092
上也进行了相同试验。航炮瞄准具原型机的研发工作在廷德尔空军基地（Tyndall AFB）实施。航炮只被安装在配备竖条仪表的 F-106 上。开火时射速被限制在
4,500 发/分，而在 F-4E 上安装时可以达到 6,000 发/分，这是因为受驱动炮管旋转的液压泵限制。不过，这一创新没有被应用到双座的 F-106B