进行雷击试验的 816 号机
1988 年，它安装了兰利设计和制造的机翼前缘涡流发生器，进行先进技术战斗机（ATF）项目。这架飞机于 1991 年 5 月 17 日退役，它在 3 月 5
日从弗吉尼亚的兰利空军基地起飞，完成了最后一次飞行。这架飞机现在陈列在汉普顿的弗吉尼亚航空航天中心。
1981 年 3 月， 序列号为 59-0123 的一架 F-106A 被转到 NASA 的兰利中心，作为 816 的备份。
F-106B 57-2507 号机于 1972 年 9 月抵达刘易斯中心，在那里它分配到了 607
的编号。它被用于太阳能电池和海洋颜色扫描测试，后者被用来水体和土地质量评估。1981 年 5 月，607 被转到兰利中心。1984
年它被切成两半，进行全尺寸机翼的风洞测试。
F-106B 59-2545 号机于 1985 年 1 月 30 日，作为一架不具飞行能力的航空器用于不同测试。
F-106B 57-2513 号机被得克萨斯凯利空军基地的圣安东尼奥航空后勤中心用于洛克维尔 B-1 的追踪机。
F-106C/D/X