Me323E头部的窗式枪座
德军吸收地中海战区的惨痛教训，又发展Me323的武装强化型。原型第13、14号机在拉普汉姆改造，机头的机枪下移，左右两个视界良好的窗式枪座架设MG131重机枪各一挺，机身两侧也新设MG131机枪的窗式枪座，全机共装备MG131重机枪和MG15轻机枪各4挺。两机机身构造加固，燃油量增加。13号机与D型一样装6台格罗姆-罗纳14N发动机；而14号机原准备改用4台起飞功率达1340马力的尤莫211F液冷发动机，后还是因尤莫发动机难以到手而作罢。13号机成为E-1型的原型。1943年春，“巨人”的生产由齐柏林公司继续，在主翼上面、外侧发动机后方增设两个装20毫米MG151机炮的EDL151泡型炮塔以代替背部枪塔的Me323被称为E-2型。它们中的一架又改装为编队护航用的E-2/WT型，它的主翼上有4个EDL151炮塔，加上机头的旋转炮塔和机身侧的炮座，共装备11门MG151机炮和4挺MG131重机枪，乘员17名，全部炮座都用装甲防护，不再搭运货物。经过试飞，苯拙的E-2/WT型被认为远不如护航战斗机实用，被中止了发展。
