由He-111Z拖曳起飞的Me321
Me321在运用上最大问题是曳航的Ju90的动力不足，难以胜任曳航任务。由乌德特将军提议专门设计的亨克尔He111Z(由两架He111并联的五发机) 还正在研制。在此之前只有采用由3架Bf110C双发重型战斗机曳航一架Me321的“三驾马车”方法，同时按设计Me321还要使用以过氧化氢为燃料的起飞助飞火箭(6～8个推力550千克或4个推力750千克或两个推力1000千克的) ，它们悬挂在Me321主翼支柱外侧的中翼下方，起飞后投弃回收可再次灌装燃料使用。但这种火箭性能不稳定，起动时间不一，效果不佳，可又不能不用。Me321着陆滑降速度140千米／小时时，要在地面滑行400米以上，为缩短着陆滑行距离还要使用大型条带形减速伞。
用3架Bf110曳航一架Me321其危险性不难想像。曳航索为直径10毫米的钢索，3架Bf110成“品”字形，先导机使用的曳航索长100米，左右两机的曳航索长80米。当3架曳航机起动时，巨人的起飞助飞火箭也开始点火，起飞至少需要1200米的铺装跑道。当达到时速110千米时，“巨人”拉杆离地，接着左右两架曳航机离陆，最后离地的是最前面的曳航机。然后它们以时速130千米、每秒0.5米的上升率缓缓爬升到500米高度，再慢慢加速到时速170～200千米，作水平飞行。在爬升时，3架曳航机必须保持相同的上升角度，稍有不慎，突然增加的张力会扯断曳航索，在气流紊乱时，空中碰撞的危险性极大。
在载运120名士兵的运用试飞中。“巨人”右侧的助飞火箭在离地时没有点火，使“巨人”向右侧滑，引起3架曳航机的碰撞，“巨人” 和曳航机坠毁在跑道周边森林里，6名机组乘员、120名搭载士兵和3名曳航机驾驶员全部丧命，成为1941年最惨重的飞行事故。
Me321的实战
尽管事故不断，但在首飞三个月后的1941年6月，德国 空军 还是组建了Me321大型运输滑翔机联队。联队包括各装备6架“巨人”的3个滑翔机中队和各装备12架Bf110C的3个曳航机中队。在这个联队向东线出动前，又改组为4个特别大型滑翔机中队，每个中队由5架“巨人”和15架Bf110C组成，到9月各中队已处于实战状态。9月中旬，第1特别中队配属到北方战区第1航空舰队在里加活动；第22特别中队配属中央战区第2航空舰队驻扎在奥尔沙；第4特别中队配属给南方战区第4航空舰队开始驻扎刻赤，后驻第聂伯罗彼得洛夫斯克；留下的第20特别中队和联队本部也配给第2航空舰队。
