B-29 设计了波音 117 型机翼，全长 43.15 米，翼面积 161.25 平方米。为了解决起降升力问题，117
型机翼后缘设置了一组富勒襟翼，当襟翼全部展开时，全部翼面积可增大
20%，有着很好的低速操控性，襟翼收起后，机翼阻力很低，可以达到较高的巡航速度。随后波音将四分之一尺寸的 B-29
机翼安装在一架仙童（Fairchild）PT-19 教练机（序列号 41-20531）上进行试飞，结果令人满意。
波音将四分之一尺寸的 B-29 机翼安装在一架仙童（Fairchild）PT-19 教练机（序列号
41-20531）上进行试飞
波音还修改了 Model345 的设计，将机翼内侧发动机舱后段延长伸出机翼后缘，增加了襟翼效率。波音 117
型机翼的两个翼梁是用整块铝冷挤压成型，成为是当时世界最大和最重的整体翼梁，在进行结构破坏测试时，压力增加到 136 吨时机翼才断裂。
另外对 Model345 的气动改进就是将前机身从 28.35 米延长到 29.9 米，并将机头外形改为球形，垂尾根部向前延伸以增进安定性。
由于 B-29 的作战飞行高度通常接近万米，外界气温为零下 50
度，再加上全增压乘员舱设计，无法使用人操炮塔，所以采用了遥控炮塔系统。原型机机身上一共安装了 5
个炮塔，机身背部前后各一个，腹部前后各一个，最后一个是尾炮塔，每个炮塔装备 12.7