在量产开始之前，B-29 工厂又进行了调整。考虑到北美的堪萨斯工厂专注于生产 B-25 米切尔轰炸机，所以其 B-29
的生产任务移交给波音在华盛顿的兰顿市（Renton）工厂。兰顿工厂原来准备为海军生产波音 PBB-1 海上巡逻兵（Sea
Ranger）双发水上巡逻轰炸机，为此航空军说服海军取消 PBB-1 项目，让兰顿工厂转产 B-29。作为补偿海军将得到陆基的 B-25 和 B-24
轰炸机用以执行海上巡逻任务。
外形怪异的波音 XPBB-1 原型机
后又由于费希尔兄弟工厂专注于生产 P-75 护航战斗机，所以其 B-29
生产任务移交给格伦.L.马丁飞机公司，在其设在内布拉斯加州奥马哈市的一个新建国有工厂内生产。
除了威奇塔、玛利埃塔、兰顿和奥马哈四个主要的 B-29 总装厂外，为 B-29
生产机身组件和部件总成的子承包商遍及美国，其中克莱斯勒、哈得逊、固特异、布里格斯（Briggs）、墨里、塞斯纳公司被选择为生产 B-29 的主要机身构件。
B-29
设计中的碰到的主要问题之一是如何设计完美的机翼。现有的翼型设计都不适合这个史无前例的怪物，能在规定尺寸内产生足够升力的翼型，不是巡航阻力太大就是失速特性太差；巡航阻力和失速特性都能满足要求的翼型在起飞时却无法产生足够的升力，一旦采用，世界上将没有一处机场可以满足它超常的起飞滑跑距离。于是波音推翻现有方案，为