发动机有过热问题，并且在过热时有起火的危险，发动机起火从此时起成为 B-29 的“顽疾”，如噩梦般伴随 B-29 经历整个二战。到十二月为止，艾伦已经完成了
23 次飞行，共计 27 小时，在此期间一共更换了十六个发动机，十九个排气系统，二十二个化油器，另外还发现调速器有问题。在 12 月 28 日的一次试飞中，一具
R-3350 发动机起火，迫使艾伦立即返场紧急降落。除了发动机问题外，XB-29
的气动性能和操纵品质还是优秀的，根据试飞结果，去掉了方向舵助力器，没有发现必要的空气动力学
上的改进。首架 XB-29 作为测试机一直留在波音公司。
1942 年 12 月 30 日，第二架 XB-29（41-0003）也开始首飞，但是这次飞行又遇到了发动机起火事故，直到将更换了 XB-29
一号机上的发动机后才开始恢复飞行。1943 年 2 月 18 日第二次试飞，但是结果是悲剧性的，起飞 8
分钟之后发动机起火。当艾伦尝试在波音机场紧急降落时，大火烧穿了机翼主梁造成机翼弯曲变形，燃烧的 XB-29
撞向机场附近的弗赖伊（Frye）肉类包装厂，艾伦和全部机组以及地面的 20 名工人丧生。