VP-12 中队的 PBY-1 在战前的悠闲岁月
1939 年末实施的中立法案及随后的海岸中立巡逻行动实质上已经使巡逻中队进入作战状态，这为即将到来战争积累了宝贵经验。
日本对珍珠港的突袭所造成的飞机与人员损失对夏威夷的巡逻中队来说是个灾难。第 1 巡逻机联队的 27 架飞机被毁，6 架受损，仅 3 架正在巡逻的 PBY 得以幸免。在珍珠港福特岛整个 VP-22 中队在遭受炸弹袭击并摧毁滑行斜坡后失去了战斗力。珍珠港事件的前几周，菲律宾的局势变得越来越紧张，美日巡逻机在沿岸巡逻中都避免接触。为了保存战力，第 10 巡逻机联队受命疏散到偏远基地。尽管美军已经预先做了准备，但在 12 月 8 日，日机对菲律宾的美军航空兵力发动压倒性打击，在完全丧失了制空权的情况下第 10 巡逻中队的许多 PBY 在战斗的头几天内就被摧毁在系泊地。12 月 11 日就有 7 架巡逻归来的飞机被日机低空扫射摧毁在锚地。
珍珠港事件中被炸毁的 PBY-5
在 PBY-4 与敌机的空战暴露了 PBY 的易损性。由于缺少保护人员的装甲和自封油箱，在遭受敌机攻击后存活机会渺茫。在不多的 PBY 编队遭受攻击的记录中，显示了 PBY 飞行员战术上的权限，他们并没有尝试保持编队的完整性以使用自卫火力互相支援。
实战中还发现 PBY 赖以对抗尾部攻击的腰部机枪站火力不足。虽然所配置的白朗宁机枪是相当可靠的武器，但腰部机枪站缺乏保护机枪手的装甲且无法持续供弹。PBY-4 上的 12.7 毫米机枪都使用标准 50 发弹箱，以白朗宁机枪每分钟 600~800 发的射速来说，机枪手可以在一次 10 秒持续射击中就消耗掉一个弹箱！然后他先要卸下空弹箱，再从架子上取出新弹箱装上，才能上膛继续射击。尾随的日机飞行员能清楚地看到机枪手在换弹箱的动作，于是乘 PBY 无力反抗之机抵近射击。
1941 年 12 月 27 日凌晨，VP-101 中队的 6 架 PBY-4 从荷属东印度群岛安汶岛（Ambon）起飞攻击菲律宾霍洛港（Jolo）的日军舰艇。每架飞机挂载 3 枚 227 千克炸弹，计划进行 3 机双编队水平轰炸。途中 6 机分为两个编队飞行，到达目标区后，领机编队进行圆周飞行等待第二编队，但第二编队错过了领机，继续飞行看到目标后就开始进入轰炸，立即招致日军防空火力的还击。第二编队轰炸了港内的日本巡洋舰和大型运输舰，在退出轰炸时，一架 PBY 被击落，其余两架安全返回安汶岛基地，他们没想到的是这为领机编队带来了灭顶之灾。
领机编队在 10 分钟的绕圈等待后，看到天空开始发白，就开始攻击。这 3 架 PBY 在 3,600 米高度转向目标，但此时被激怒的军舰和岸上防空炮火发现了领机编队并对其猛烈射击，同时 6 架战斗机（可能是零式）出现在空中。枪弹从各处射向 PBY 编队，由于规避战斗机使 PBY 无法保持编队，各机独自发起攻击。混战中两架零式被击中退出战斗，其余继续拦截卡特林娜并击落了领机，两架僚机见无法继续实施水平轰炸，于是向目标舰进行俯冲投弹。炸弹在约 3,000 米高度释放，在投弹后飞机仍继续俯冲以期摆脱零式。一架 PBY 在 300 米高度被击中起火，三名乘员跳伞，其余 4 人被困，但在飞行员的努力下迫降成功，另一架 PBY 在两名机枪手死亡，一名乘员重伤，飞机部分失控的情况下进行迫降但在触及水面时爆炸，幸存者在经历了两个星期的逃亡后回到了部队。
第 10 巡逻机联队在战斗开始时有 43 架 PBY-4，但是到 12 月 13 日仅剩 11 架可飞，联队向南转移到西里伯斯岛（Celebes）万鸦老基地（Manado），后又撤到苏腊巴亚（Surabaja）。12 月 23 日，幸存的人员和飞机并入 VP-101 中队，同时撤销了 VP-102 中队编制。随着日军向东印度群岛的步步逼近，PBY 继续向南撤退，在 2 月底最终抵达澳大利亚时仅剩 4 架。
