改装为遥控靶机的
QF-104A， 机身和垂尾已喷涂上醒目的桔红色
QF-104A
1960 年，随着 F-104A 从防空司令部退役，24 架 YF-104A 和 F-104A
被改装成无线电遥控靶机，型号改为 QF-104A 。该机全部喷上红色条纹，交付佛罗里达州埃格林空军基地的 3205
靶机中队使用。和大部分改造的靶机一样，QF-104A 仍保留了载人飞行能力，但也可以由地面遥控飞行。后来这批飞机大部分在导弹试验中被击毁。
F-104B
F-104B 是专门用于 F-104A 改装训练的双座教练型，洛克希德设计代号 283-93-03
。和 F-104A 相比，B
型的主要改动是：座舱加长，以容纳第二个座位；座舱盖改为向左侧开启；增加一套操纵系统，两套操纵系统都具有全部控制能力；为了给第二个作为提供空间，原来的 M61A1
航炮被取消（也因此使得 F-104B 不能具备 A 型的全部作战能力），同时内部布置重新调整，部分航电设备有所移动；机内油箱也有所更改，内部载油量由 3,395
升减少到 2,763 升；机载武器只有两枚 AIM-9B “响尾蛇”导弹， 不过仍然保留了早期 A 型的 AN/ASG-14T-1
火控系统；垂尾面积加大，以保证足够的航向稳定性；前起落架再次改为向后收起。
第 18 架
F-104B。和 A 型相比，外观差别不大
1967 年 1 月 16 日，被非正式称作 YF-104B
的原型机（56-3719）首次试飞。该机实际上是用一架过剩的 F-104A 机体改装的，后期 F-104B
