YF-104 相对于XF-104，
其气动外形明显改变，激波锥的引入，大幅改善了不同条件下的进气效率。垂尾上的序号表明，该机是17 架原型机中的第7 架
1956 年 2 月， 第一架 YF-104A（55-2955） 出厂，在严格保密情况下运抵爱德华兹空军基地。1956 年 2 月 17
日，该机由洛克希德试飞员赫曼·菲斯·索曼驾驶进行了首次试飞。此前一天，第二架 YF-104A（55-2956
）已经在洛克希德的伯班克工厂进行了首次正式展出。尽管此次展出未对媒体开放，但也确实证实了航空界关于洛克希德正在研制一种革命性战斗机的传言。当然，根据美国空军的要求，YF-104A
2 号机的进气口被严严实实地遮住了——他们并不想这么早就暴露当时非常先进的激波锥设计。