1959 年12 月14 日，乔·B·乔丹上尉驾驶一架 F-104C
刷新了世界飞行高度纪录——达到 31,513 米，这也是航空史上飞机第一次依赖自身动力在 30,000 米高空飞行。在此次飞行中，F-104C 最大平飞速度达到
M2.36，并同时创造了 15 分 4.92 秒爬升 30,000 米（从地面松刹车开始计时）的另一项世界纪录。
1961 年 10 月， 洛克希德开始进行代号“研磨机”的战斗机现代化改进计划，F-104C
机群也被包括其中。该机机身下左右两侧各增加一个挂点，用于携带“响尾蛇”导弹，从而使总携弹量增加到 4
枚；此外还增加了各种类型对地攻击武器的投射能力，包括凝固汽油弹、2.75 英寸火箭弹和常规炸弹。
1962 年 10 月，古巴导弹危机爆发。第 479
战术战斗机联队被部署到佛罗里达的凯·维斯特海军航空站，以阻止古巴或苏联飞机可能对美国目标发动的空袭。当然，如果必要的话，该联队的 F-104C
也会对古巴目标实施空中打击——可以想象，一旦 F-104C 出动，机上挂载的肯定不是常规武器。幸运的是，F-104C 最终未能一显身手。
这架 F-104
是亚利桑那州图森市比马航空博物馆的馆标。虽然在说明中注明该机为 C 型，但亚利桑那 ANG 实际装备的是 A 型
1965 年 4 月，第 479
联队的一个中队（番号不详）调往南越大朗（音译）基地，用于执行战斗空中巡逻任务，掩护己方战斗轰炸机免遭北越战斗机的攻击。执行这种任务时，F-104C 只携带 4