早期飞行堡垒的（主要是
B-17C/D）乘员都知道在飞机的正后方存在严重的火力盲区，如果敌机从正后方进入攻击，B-17 将不可能做出反击。USAAC
的飞行员被教导在发生此情况时立即作来蛇形机动，使左右腰部炮手可以向敌机射击。但是在 1943-1944
年间对德轰炸所必需采取的密集编队中，显然无法作这样的机动。
为了寻求一个更好的解决方案，波音重新设计了 B-17E 的后机身，引入了尾炮塔，内置两挺 12.7
毫米机枪。为了容纳尾炮塔，B-17E 的机身比 D 型长了 1.8 米。
驾驶舱风挡后顶部增加了两片天窗，且后面的气泡观察窗被一个本迪克斯（Bendix）电动炮塔所取代，内置两挺 12.7
毫米机枪，这个炮塔通常由机械师操纵。腰部的椭圆形机枪窗口被一个矩形移动舷窗所取代，射击时需要移开舷窗玻璃。
B-17
机背的本迪克斯电动炮塔，图中为 B-17G 型
另一个遥控动力炮塔取代了 B-17D
腹部的金属“浴缸”，通过后机身下方气泡观察窗内的周视瞄准镜进行遥控。