1942 年 8 月，部署在澳大利亚的第 43 轰炸机大队成为第五个参与对日作战的 B-17E
大队，支援盟军在所罗门群岛（Solomons）的攻势。在这之前第 5 轰炸机大队以夏威夷为基地执行空中搜索任务。
到了 1943 年中期，大多数飞行堡垒都从太平洋战区撤出，让位于航程更远的 B-24
解放者。B-24 更适用于太平洋地区，具有较高的速度和较大的中高空载弹量。除此之外，在欧洲战场损失了数量巨大的 B-17，以致所有的生产出的 B-17
都要用来满足欧洲战场的补充和训练需要。在俾斯麦海（Bismarck Sea）之战后不久，再也没有 B-17 被派往太平洋。B-17
是欧洲战场的主力，在这里它以巨大的牺牲赢得声名。实际上，B-17 担负了欧洲作战行动的 98%。
太平洋战场第 13 航空军的
B-17E
克拉克机场唯一幸存到战后的 B-17 是“天鹅鹅”（The Swoose）号（40-3097）。它基本上是一架
B-17D，之所以这样说是应为这架飞机由几架 B-17 的部件拼凑而成，这也是它绰号的由来。当更新型的 B-17E 到达后，40-3097
成为了澳大利亚盟军代司令布雷特（Brett）中将的座机并运送过许多要员。“天鹅鹅”号现在国家航空航天博物馆存放等待修复。