飞行中的
B-17E，从机腹炮塔扁平的轮廓来看，还是较早期的本迪克斯遥控炮塔
编队飞行的陆航训练单位的
B-17E，注意机腹炮塔是斯佩里球形炮塔，由于增加了尾炮，B-17E 延长了机尾
为了在投弹时获得更好的稳定性，增高了垂尾，并在前面还设置了长长的背鳍，另外还大幅增加垂尾的面积。在摈弃了早期的“鲨鱼鳍”垂尾后，飞行堡垒典型的垂尾式样从此出现，外观上看也不再“头重脚轻”了。
首架 B-17E 在 1941 年 9 月 5 日首飞后，波音的生产线立即转产
B-17E，以尽快交付作战单位。
此时美国正在急速扩充军力备战，USAAC 扩编成了陆军航空军（USAAF），波音一家公司 B-17
的产能将远远满足不了需求，于是 USAAF 鼓励其他飞机制造企业如洛克希德威加分部（Vega division of Lockheed）、道格拉斯参与 B-17
的生产。取波音、洛克希德威加分部和道格拉斯的前三个字母，这个规模庞大的生产联盟被人们调侃为“B.V.D.”，正好与一个美国家喻户晓的内衣品牌相同。波音除了在西雅图的主工厂生产
B-17E 外，在堪萨斯州的威奇塔（Wichita）工厂也开始生产；道格拉斯为了生产 B-17E 在加州长滩（Long
Beach）新建了一个工厂，但等到工厂建成，B-17 已经进化到 F 型了。在经历了诸多准备工作后，洛克希德和道格拉斯实际上没有生产过 B-17E，B-17F