才是三个公司共同生产的第一个型号。
波音西雅图工厂全速生产
B-17E，1942
1941 年 11 月 B-17E 首先装备了第7轰炸机大队，到 1941 年 11 月 30
日，波音已经交付了 42 架 B-17E。在珍珠港被袭时，刚好有 12 架从西海岸飞往菲律宾的 B-17E 转场珍珠港。
因为由于重量的增加和凸出炮塔所增加的阻力导致 B-17E 的飞行速度比 B-17D
略慢，但是防御能力大大增强。
由于机腹下方遥控炮塔的实用性不佳，所以从第 113 架 B-17E
开始，本迪克斯的遥控炮塔被斯佩里的球形炮塔所取代。球形炮塔内部可供一个炮手蜷缩而坐，炮手通过左眼前方的瞄准具瞄准目标，使用操纵杆和脚踏板来控制炮塔的旋转俯仰。由于炮塔内部的空间非常狭小，规定腹部炮塔的炮手必须是小个子。